GEPRO: Gene Expression Profiler for DNA microarray data

Beob G. Kim, Merlin D, Lindemann, Phillip J. Bridges, CheMyong Ko

Abstract


Summary

The DNA microarray technology has been widely employed in recent biological research. However, the unprecedented large amount of data produced by the technology has presented inevitable challenges to biological scientists, forcing individual researchers to take extensive training or rely on database specialists for the use of the data. Microsoft Excel® has a number of convenient functions and may be the most widely used spreadsheet package for data storage and manipulation. Therefore, we developed a userfriendly, Excel spreadsheet-based microarray data-managing program. The program, gene expression profiler (GEPRO), is designed to facilitate organizing miocroarray data, performing statistical analysis, and displaying the results. Using GEPRO's filtering and sorting capabilities, a user can easily identify differentially expressed genes, display the expression profiles of the genes of interest, and present and save the analyzed data in a user-defined way. The versatility and utility of GEPRO should enable bench work researchers to maximize the use of their microarray data. The GEPRO is freely available for noncommercial users at http://www.mc.uky.edu/cls/ko/gepro1.html.

Key words: database, gene expression, microarray, Microsoft Excel.

 

Resumen

La tecnología de microarreglos de DNA es actualmente empleada de manera amplia en investigación biológica. Sin embargo, el manejo de la enorme cantidad de datos generados por la misma representa un desafió para los investigadores, forzándolos a invertir valioso tiempo en capacitación sobre dicho manejo, o a confiar el uso de la misma a especialistas en bases de datos. El programa Excel® de Microsoft, la hoja de cálculo más ampliamente utilizada a nivel mundial, que cuenta con muchas funciones útiles para almacenamiento y manipulación de datos, fue utilizado por nosotros para desarrollar una aplicación amigable para el manejo de datos generados por microarreglos de DNA. Nuestro programa, llamado "Gene Expression Profiler" (GEPRO), está diseñado para facilitar la organización de datos de microarreglos, realizar su análisis estadístico, y presentar los resultados. Utilizando la posibilidad de filtrado y ordenamiento de datos que ofrece GEPRO, el usuario puede identificar fácilmente diferentes genes, observar los perfiles de expresión de los genes de interés, así como presentar y guardar los datos de diversas maneras. La versatilidad y utilidad de GEPRO ayuda a los investigadores a maximizar la utilización de sus datos de microarreglos. GEPRO es una aplicación gratuita, disponible para uso no comercial en http://www.mc.uky.edu/cls/ko/gepro1.html.

Palabras clave: bases de datos, Excel de Microsoft, expresión de genes, microarreglos. 

 

Resumo

A Tecnologia dos Mircroarranjos de DNA é muito empregada em pesquisa biológica. Mas o manejo da grande quantidade de dados gerados é um desafio para os pesquisadores, os quais estão sendo forçados a realizar grandes investimentos econômicos e de tempo para sua capacitação ou em confiar em expertos da informática para analisar seus dados. O programa Excel® da Microsoft, amplamente utilizada no mundo foi utilizado para desenvolver uma aplicação amigável para o manejo de dados gerados por Mircroarranjos de DNA. O nosso programa, chamado "Gene Expression Profiler" (GEPRO), está desenhado para facilitar a organização de dados, permite realizar as respectivas análises estatísticas e apresentar os resultados. Utilizando a possibilidade de filtrar e organizar os dados que oferece GEPRO, o usuário pode identificar pares de genes, observarem os perfis da expressão dos genes de interesse, assim como a possibilidade de apresentar e salvar os dados de diferentes formas. A versatilidade e a utilidade do programa, ajuda aos pesquisadores a maximizar a utilização dos dados. GEPRO é uma aplicação gratuita para uso não comercial, disponível em http://www.mc.uky.edu/cls/ko/gepro1.html.

Palavras chave: bases de dados; Excel de Microsoft, expressão gênica, microarranjos.


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Abstract : 397 PDF : 53

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